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Text File  |  1995-03-04  |  1.9 KB  |  40 lines
  1. ***********************************************
  2. * Transcription factor TFIID repeat signature *
  3. ***********************************************
  4.  
  5. Transcription factor TFIID  (or TATA-binding protein, TBP) [1,2] is a  general
  6. factor  that  plays  a  major  role  in  the  activation  of  eukaryotic genes
  7. transcribed by RNA polymerase II.   TFIID binds specifically  to  the TATA box
  8. promoter element which lies close to the position of transcription initiation.
  9.  
  10. There is a remarkable degree of sequence  conservation of  a C-terminal domain
  11. of about 180 residues in TFIID from various eukaryotic sources. This region is
  12. necessary and sufficient for TATA box binding. The most significant structural
  13. feature of this domain is the presence of two conserved repeats of a 77 amino-
  14. acid region. The intramolecular symmetry  generates a saddle-shaped  structure
  15. that sits astride the DNA [3].
  16.  
  17. Drosophila TRF (TBP-related factor) [4] is  a  sequence-specific transcription
  18. factor that also binds to the TATA box and is highly similar to TFIID.
  19.  
  20. We have derived a signature pattern  that  spans  the  last 50 residues of the
  21. repeated region.
  22.  
  23. -Consensus pattern: Y-x-P-x(2)-[IF]-x(2)-[LIVM](2)-x-[KR]-x(3)-P-[RKQ]-x(3)-L-
  24.                     [LIVM]-F-x-[STN]-G-[KR]-[LIVM](2)-x(2)-G-[TAG]-[KR]-x(7)-
  25.                     [AGC]-x(6)-[LIVM](2)
  26. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  27. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  28. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  29.  
  30. [ 1] Hoffmann A., Sinn E., Yamamoto T., Wang J., Roy A., Horikoshi M.,
  31.      Roeder R.G.
  32.      Nature 346:387-390(1990).
  33. [ 2] Gash A., Hoffmann A., Horikoshi M., Roeder R.G., Chua N.-H.
  34.      Nature 346:390-394(1990).
  35. [ 3] Nikolov D.B., Hu S.-H., Lin J., Gasch A., Hoffmann A., Horikoshi M.,
  36.      Chua N.-H., Roeder R.G., Burley S.K.
  37.      Nature 360:40-46(1992).
  38. [ 4] Crowley T.E., Hoey T., Liu J.-K., Jan Y.N., Jan L.Y., Tjian R.
  39.      Nature 361:557-561(1993).
  40.